38 000 milliards de bactéries vivent dans votre intestin. Decouvrez ce qu’elles font vraiment.
Il y a eu un jour où tout a changé pour moi dans la façon dont je perçois la santé. C’est le moment où il m’est apparu clairement que la naturopathie et la médecine fonctionnelle étaient des domaines dans lesquels je voulais continuer d’apprendre sans cesse, et y consacrer le reste de ma carrière professionnelle, car plus on apprend, plus c’est fascinant.
Quel a été mon moment de révélation ?
C’est le jour où j’ai découvert comment les bactéries qui vivent dans notre intestin peuvent déterminer notre santé, et comment elles peuvent littéralement se retourner contre nous si on arrête d’en prendre soin.

Vous abritez tout un écosystème en vous
Saviez-vous que vous avez environ 38 000 milliards de bactéries dans votre intestin ? C’est plus de cellules bactériennes que de cellules humaines dans tout votre corps.¹ Et loin d’être de simples passagers, ces micro-organismes sont activement impliqués dans presque tous les aspects de votre santé.
Les recherches des deux dernières décennies ont transformé notre compréhension du microbiome. Voici ce que nous savons aujourd’hui que vos bactéries intestinales font pour vous chaque jour :
- Maintenir l’intégrité de votre muqueuse intestinale, ce qui, comme vous le verrez bientôt, est l’un des points les plus importants pour votre santé
- Fermenter les fibres alimentaires en acides gras à chaîne courte (tels que le butyrate, l’acétate et le propionate), qui réduisent activement l’inflammation dans tout le corps²
- Influencer les hormones de satiété telles que le GLP-1 et le PYY, vous aidant à vous sentir rassasié et à réduire le risque de trop manger³
- Synthétiser des vitamines essentielles, notamment la vitamine K et plusieurs vitamines du groupe B⁴
- Produire des neurotransmetteurs, dont la sérotonine. Environ 90 à 95 % de la sérotonine du corps est produite dans l’intestin, où elle joue un rôle clé dans la régulation de l’humeur, de la relaxation et de la perception de la douleur⁵
- Communiquer directement avec votre cerveau. Votre intestin et votre cerveau sont connectés par le nerf vague, et environ 80 à 90 % des signaux qui circulent le long de ce nerf vont de l’intestin vers le cerveau, et non l’inverse.⁶ Pour chaque message que votre cerveau envoie à votre intestin, votre intestin lui en renvoie huit à neuf. C’est pourquoi ce que vous mangez et l’état de votre microbiome influencent directement votre humeur, votre clarté mentale et vos fonctions cognitives.
- Former votre système immunitaire, et c’est sans doute le rôle le plus important de tous.
Votre intestin est le quartier général de votre système immunitaire
Environ 70 à 80 % de votre système immunitaire se trouve dans votre intestin, au sein d’un réseau de tissu immunitaire appelé le tissu lymphoïde associé à l’intestin, ou GALT. Ce n’est pas une coïncidence. Votre intestin est le premier point de contact avec tout ce qui vient du monde extérieur, que ce soit via les aliments que vous mangez ou l’air que vous respirez. Vos bactéries intestinales y sont stratégiquement positionnées, échantillonnant en permanence ce qui passe et éduquant vos cellules immunitaires.
En termes simples, elles agissent comme des formateurs et parlent en permanence à vos cellules immunitaires :
« Cette molécule est inoffensive, ne réagis plus à elle à l’avenir. »
« Celle-là est une menace. Détruis-la, mémorise-la, et sois prêt à agir plus vite la prochaine fois. »
Ce système de formation sophistiqué ne fonctionne bien que lorsque vous avez un microbiome sain, avec un bon équilibre de bactéries bénéfiques dominant les bactéries nuisibles.

Comment construire un microbiome sain ?
Vous ne naissez pas avec un intestin vide. Vous héritez de votre premier microbiome de votre mère à la naissance et par l’allaitement si vous avez été allaité. La façon dont vous êtes né (accouchement vaginal ou par césarienne) et dont vous avez été nourri (allaitement ou biberon) influence positivement ou négativement votre microbiome, tout comme la prise répétée d’antibiotiques. Mais cela seul ne détermine pas votre destin. Chaque jour, ce que vous mangez, la façon dont vous vivez, et même la façon dont vous pensez influencent la composition de votre microbiome.
Les aliments fermentés tels que le kéfir, le kimchi et le yaourt non pasteurisé (lorsque toléré) sont des aliments qui permettent d’introduire des bactéries bénéfiques. Les compléments probiotiques de qualité peuvent également aider, mais voici quelque chose que beaucoup de gens ignorent : les bonnes bactéries ne peuvent pas survivre sans fibres. Les fibres sont leur nourriture, et sans elles, même le meilleur probiotique ne fera pas de différence durable.
La stratégie la plus efficace pour un microbiome florissant est la diversité. Manger une grande variété d’aliments végétaux, légumes, légumineuses, céréales complètes, fruits, noix et graines fournit la gamme de fibres et de polyphénols dont différentes espèces bactériennes ont besoin pour prospérer.² Des recherches suggèrent que les personnes qui consomment 30 aliments végétaux (cela inclut les noix, graines, herbes, et épices) différents ou plus par semaine) ont des microbiomes significativement plus diversifiés que celles qui en consomment moins.⁷
Que se passe-t-il quand vous arrêtez de nourrir vos bonnes bactéries ?
C’est là que les choses deviennent sérieuses.
Lorsque les bactéries bénéfiques ne reçoivent pas assez de fibres, elles commencent à se nourrir de la prochaine source disponible : la couche de mucus qui tapisse votre paroi intestinale. Avec le temps, cela dégrade la barrière intestinale et entraîne ce que l’on appelle l’hyperperméabilité intestinale, ou « leaky gut ».⁸ Une fois la muqueuse compromise, des particules alimentaires partiellement digérées, des bactéries et des toxines peuvent passer dans la circulation sanguine. Cela soumet le système immunitaire à une pression constante et a été associé à un large éventail de maladies chroniques, notamment les maladies auto-immunes, le diabète de type 2, les maladies inflammatoires de l’intestin et des symptômes neurologiques tels que le brouillard mental.⁸,⁹
La bonne nouvelle : il n’est jamais trop tard
Voici ce que je trouve infiniment encourageant dans tout cela. Votre corps n’est pas statique. Il se régénère constamment, cherchant toujours une occasion de se réparer :
- Votre muqueuse gastrique se régénère tous les 3 à 5 jours
- Votre muqueuse intestinale se régénère tous les 3 à 7 jours
- Vos globules rouges se renouvellent environ tous les 120 jours
- Votre peau se régénère toutes les 4 à 6 semaines
La nature nous offre de nombreux moyens de rétablir l’équilibre et de guérir. Avec les bons changements nutritionnels et de mode de vie, vous pouvez reconstruire un microbiome sain. Je l’ai fait moi-même, et je l’ai vu aussi chez les personnes que j’ai accompagnées.
Je sais qu’il peut être difficile de savoir quoi faire dans un monde où les informations sur la santé sont souvent contradictoires. Mais voici ce que je veux que vous reteniez : votre corps est toujours de votre côté. Il saisit chaque occasion disponible pour guérir. Votre rôle est simplement de lui créer les bonnes conditions pour y parvenir.
C’est ce que j’ai réalisé en traversant moi-même mon propre parcours de guérison.
Références
¹ Sender, R., Fuchs, S. and Milo, R. (2016) ‘Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body’, PLOS Biology, 14(8), e1002533.
² Shin, Y., Han, S., Kwon, J., Ju, S., Choi, T.G., Kang, I. and Kim, S.S. (2023) ‘Roles of short-chain fatty acids in inflammatory bowel disease’, Nutrients, 15, 4466.
³ Zeng, Y., Wu, Y., Zhang, Q. and Xiao, X. (2023) ‘Crosstalk between glucagon-like peptide 1 and gut microbiota in metabolic diseases’, mBio, 15, e02032-23.
⁴ Tarracchini, C., Lugli, G.A., Mancabelli, L., van Sinderen, D., Turroni, F., Ventura, M. and Milani, C. (2024) ‘Exploring the vitamin biosynthesis landscape of the human gut microbiota’, mSystems, 9, e00929-24.
⁵ Grondin, J.A. and Khan, W.I. (2023) ‘Emerging roles of gut serotonin in regulation of immune response, microbiota composition and intestinal inflammation’, Journal of the Canadian Association of Gastroenterology, 7(1), pp. 88–96.
⁶ Breit, S., Kupferberg, A., Rogler, G. and Hasler, G. (2018) ‘Vagus nerve as modulator of the brain–gut axis in psychiatric and inflammatory disorders’, Frontiers in Psychiatry, 9, 44.
⁷ McDonald, D. et al. (2018) ‘American Gut: an open platform for citizen science microbiome research’, mSystems, 3(3), e00031-18.
⁸ Fasano, A. (2012) ‘Leaky gut and autoimmune diseases’, Clinical Reviews in Allergy and Immunology, 42(1), pp. 71–78.
⁹ Cani, P.D. (2018) ‘Human gut microbiome: hopes, threats and promises’, Gut, 67(9), pp. 1716–1725.